经过与全国多家知名设计院的激烈角逐，由中铁六院集团牵头的联合体一举中标“南京至马鞍山城际铁路工可（南京段）、勘察、总体总包及系统设计”项目，中标金额达3.94亿元。记者从工可报告的平纵缩图中看到，沿线站点位置基本确定，其中南京雨花台区的部分基本是下穿模式，而位于江宁区的部分基本为高架模式。（方案后期或有微调，具体以最终公布方案为准）
中铁六院承担设计范围全长约13公里，包括采石河站、当涂东站、当涂南站三站三区间土建工程及跨河特大桥、穿山体隧道等重要节点工程。根据此前公告显示，宁马城际工程暂定正线全长65.59公里，共设20座车站，平均站间距3.4公里，南京段全长38.1公里，共设12个车站，板桥南设车辆基地一座。另外公告还显示，由于受到宁芜铁路影响，项目将分为两段建设，一期工程从西善桥站至省界，共有8站，二期工程从西善桥站-中华门站，共有4站。
南京至马鞍山城际铁路线路全长65多公里，共设20座车站，投资估算约350亿元。作为国内首条跨省城际铁路专线，南京至马鞍山城际铁路有工程规模大、建设模式多样、运营组织复杂、技术难度大等特点。该城际铁路是南京与马鞍山之间密切联系的重要通道，将承担南京与马鞍山主城区及沿线城镇间城际公交出行的骨干功能，进一步增强南京对省域外临近城市的吸引能力，加快宁马同城化发展。
宁马城际南京段站点是：中华门站、凤台南路站、小行站、油坊桥站、西善桥站、板桥北站、板桥站、绿洲南路站、板桥南站、江宁站、翔凤路站、铜井站。而马鞍山段站点是：慈湖站、湖北路站、湖南路站、雨山路站、九华路站、采石河站、当涂东站、当涂南站。
