2021年3月28日上午，南通城市轨道交通有限公司运营分公司在平东车辆段正式揭牌，标志着南通轨道交通工作重心从工程建设为主向工程建设与运营并重转变。
南通城市轨道交通有限公司运营分公司主要负责市内城市轨道交通的行车组织、客运服务、运营设备系统维护维修等工作。下设调度票务中心、客运中心、车辆中心、维修中心四大生产中心，安全技术部、物资部两个生产支持部门和组织宣传部、人力资源部等六个职能部门。
截至目前，南通轨道交通1号线一期工程28个车站全部封顶；54个单线区间贯通；南通轨道交通2号线一期工程12个车站完成主体结构施工，14台次盾构机始发，17个单线区间贯通。
南通轨交1号线预计2022年开通，南通2号线预计2023年开通。
《南通市城市轨道交通近期建设规划（2014-2020年）》发改基础[2014]1854号于2014年8月11日获批，包含1 号线一期工程和2 号线一期工程，全长约59.55 公里。
1 号线一期工程自南通西站至振兴路站，线路长39.15 公里，设站25 座，投资257.92 亿元。
2号线一期工程自幸福镇至先锋镇站，线路长20.4 公里，设站16 座，投资139.21 亿元。
采用B 型车、6 辆编组，最高运行时速100 公里。
二期建设规划已经完成招标，正在编制过程中。
2020年，南通全年地区生产总值10036.3亿元，按可比价格计算，比上年增长4.7%。全年完成一般公共预算收入639.3亿元，比上年增长3.2%；其中，税收收入523.2亿元，增长3.1%；税收占一般公共预算收入比重达81.8%，比上年下降0.2个百分点。
